Python中的贝叶斯推理的软件包 pystan

前言

PyStan 为 Stan 提供了一个 python 接口，这是一个使用 No-U-Turn 采样器进行贝叶斯推理的软件包，这是Hamiltonian Monte Carlo 的一种变体。

PyStan具有以下依赖项：

Python：2.7，> = 3.3
Cython：> = 0.22
NumPy：> = 1.7
PyStan还要求在安装和运行时可以使用C ++编译器。 在基于Debian的系统上，这是通过发出命令apt-get install build-essential来完成的。

例子：

import pystanschools_code = """data {    int<lower=0> J; // number of schools    vector[J] y; // estimated treatment effects    vector<lower=0>[J] sigma; // s.e. of effect estimates}parameters {    real mu;    real<lower=0> tau;    vector[J] eta;}transfORMed parameters {    vector[J] theta;    theta = mu + tau * eta;}model {    eta ~ normal(0, 1);    y ~ normal(theta, sigma);}"""schools_dat = {'J': 8,               'y': [28,  8, -3,  7, -1,  1, 18, 12],               'sigma': [15, 10, 16, 11,  9, 11, 10, 18]}sm = pystan.StanModel(model_code=schools_code)fit = sm.sampling(data=schools_dat, iter=1000, chains=4)

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素材来源中：开源中国