基于Python的慢性病数据复杂条件查重方法实现及改进

    近期因为工作需要，对原来的SAS慢性病监测数据季报审核程序进行了python的重构，在重写的过程中，发现查重部分特别有意思，写出来和大家分享一下。

    在网上说起查重，大部分的搜索结果是用pandas里的df.drop_duplicates()方法来实现的，参数"keep="可以实现去除所有重复值（keep=False），也可以保留非重复+重复记录中的首条（keep="first"），但是这两个功能和我们需要“筛选所有重复的记录”的目标还是有一定的差距，所以结合这个函数的方法，我做了一点改进，以心脑病数据为例来实现查重的过程。

    先从简单条件开始，单变量查重（身份证号相同的重复卡）：

# -*- coding: utf-8 -*-
import pandas as pd
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##中间省略导入和数据前处理的过程###
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data1=xnxg_chk.drop_duplicates("VC_HZSFZH",keep="first")#无重复清单+每组重复记录的第一条
data2=xnxg_chk.drop_duplicates("VC_HZSFZH",keep=False) #无重复清单
xnxg_dup=xnxg_chk[xnxg_chk["VC_BGKBH"].isin(list(set(xnxg_chk["VC_BGKBH"]).difference(set(data2["VC_BGKBH"]))))]##结果为重复卡总张数数
xnxg_pair=data1[data1["VC_BGKBH"].isin(list(set(data1["VC_BGKBH"]).difference(set(data2["VC_BGKBH"]))))]##结果为重复卡总对子数

list(set(xnxg_chk["VC_BGKBH"]).difference(set(data2["VC_BGKBH"]))) 这个部分中，将xnxg_chk（心脑总库）与data2取了个差集，结果就是所有的重复卡数，data1和data2取差集后，得到的是重卡对子数。由于xnxg_chk["VC_BGKBH"]这样取出来的是一个Series，不能直接用.difference()的方法，所以用list()和set()的嵌套做了个转换。

但是缺点也显而易见，就是如果涉及多条件的组合查询，比如“姓名+性别+出生日期”这样，或者需要“身份证号/姓名+性别+出生日期”，去交集/并集/差集的关系会很让人很困扰，而且心脑查重当中“两次发病时间间隔小于28天”这样的复杂条件也是实现不了。于是我重新设计了一下，采用嵌套for循环+if条件语句来实现。

# -*- coding: utf-8 -*-
import pandas as pd
################################
##中间省略导入和数据前处理的过程###
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xnxg_d1=xnxg_chk
xnxg_d2=xnxg_chk
for i in range(len(xnxg_d1)):
    for j in range(len(xnxg_d2)):
        if xnxg_d1["VC_BGKBH"].iloc[i]!=xnxg_d2["VC_BGKBH"].iloc[j]
        and pd.Timedelta(abs(xnxg_d1["fbrq"].iloc[i]-xnxg_d2["fbrq"].iloc[j])).days<29
        and (xnxg_d1["VC_HZSFZH"].iloc[i]==xnxg_d2["VC_HZSFZH"].iloc[j] 
        and len(xnxg_d1["VC_HZSFZH"].iloc[i])>14 and len(xnxg_d2["VC_HZSFZH"].iloc[j])>14
        or xnxg_d1["VC_HZXM"].iloc[i]==xnxg_d2["VC_HZXM"].iloc[j] 
        and xnxg_d1["VC_HZXB"].iloc[i]==xnxg_d2["VC_HZXB"].iloc[j]
        and xnxg_d1["csrq"].iloc[i]==xnxg_d2["csrq"].iloc[j])
        and xnxg_d1["VC_HZICD"].iloc[i][:3]==xnxg_d2["VC_HZICD"].iloc[j][:3]:
            xnxg_dup=xnxg_dup.append(xnxg_d1.iloc[i])

在这段程序里，先将待查数据赋值给两个库，第一个库xnxg_d1（i）从第一条开始和另一个库xnxg_d2（j）里的每一条做比对，比对的条件可以放在if条件函数里，满足条件的（i）记录放进重卡存储库xnxg_dup里。比对模拟过程图如下：

假设第1和第3条数据为满足查重条件的重卡对子，那么在for循环过程中，当i=1，j=3时，输出查重结果i=1到重卡数据集xnxg_dup里，当i=3，j=1时，输出查重结果i=1到重卡数据集xnxg_dup里。

该方法可以成功进行复杂条件的查重，比如心脑的28天时间间隔条件，但缺点是耗时较久。匹配的次数为N×N次，1.2w数据全部跑完需要约45分钟。

通过对右图的观察可以发现，for循环中是有将近一半的比对是冗余的，比如i=1，j=2与i=2，j=1，因此我们只要将xnxg_d1库中的参与过比对的数据，从xnxg_d2中拿掉，就可以将冗余比对去除了，优化后的模拟过程图如下：

优化后的算法计算量减少了一半左右，但是需要注意的是前面的重卡库xnxg_dup只要取d1中的结果就可以了，但是在下面的重卡库里，d1和d2的结果都要取，否则出来的结果不完整。

如果将d1和d2按照地市或者区县进一步细分，再用循环分别来跑的话，所用时间将大大少于合并在一起跑的时间。

最后的查重程序优化如下，注意增加的优化代码添加的位置：

# -*- coding: utf-8 -*-
import pandas as pd
################################
##中间省略导入和数据前处理的过程###
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xnxg_d1=xnxg_chk
xnxg_d2=xnxg_chk
for i in range(len(xnxg_d1)):
    xnxg_d2=xnxg_d2.drop(xnxg_d1.index[i])##优化增加内容
    for j in range(len(xnxg_d2)):
        if xnxg_d1["VC_BGKBH"].iloc[i]!=xnxg_d2["VC_BGKBH"].iloc[j]
        and pd.Timedelta(abs(xnxg_d1["fbrq"].iloc[i]-xnxg_d2["fbrq"].iloc[j])).days<29
        and (xnxg_d1["VC_HZSFZH"].iloc[i]==xnxg_d2["VC_HZSFZH"].iloc[j] 
        and len(xnxg_d1["VC_HZSFZH"].iloc[i])>14 and len(xnxg_d2["VC_HZSFZH"].iloc[j])>14
        or xnxg_d1["VC_HZXM"].iloc[i]==xnxg_d2["VC_HZXM"].iloc[j] 
        and xnxg_d1["VC_HZXB"].iloc[i]==xnxg_d2["VC_HZXB"].iloc[j]
        and xnxg_d1["csrq"].iloc[i]==xnxg_d2["csrq"].iloc[j])
        and xnxg_d1["VC_HZICD"].iloc[i][:3]==xnxg_d2["VC_HZICD"].iloc[j][:3]:
            xnxg_dup=xnxg_dup.append(xnxg_d1.iloc[i])
            xnxg_dup=xnxg_dup.append(xnxg_d1.iloc[j])##优化增加内容